V rámci systému IISSP existuje mnoho číselníků, které jsou během zpracování výkazů v CSÚIS použity. Na struktuře těchto číselníků je postaveno mnoho výstupů ze systému IISSP a příchozí výkazy jsou na přípustné hodnoty číselníků kontrolovány.
Nejdůležitějším číselníkem je Číselník účetních jednotek, který obsahuje seznam vybraných účetních jednotek spolu s celou řadou atributů (název, adresa, kategorizace). Každá účetní jednotka je kromě IČ identifikována zárověň interním kódem IISSP.
Některé číselníky jsou v aktuální podobě publikovány na internetových stránkách MF.